《厨子·戏子·痞子》的故事背景为20世纪40年代的北平,影片讲述了日本部队投放的细菌“虎烈拉”发生变异,瘟疫横行华北,进而威胁到日军。日军密电急召专家携秘方前来灭疫灾。北平城被日军封城,城外瘟疫,城里饥荒。

　　而正当日军的生化武器研究专家从东北战区赶往华北战区时,中途却被一个流氓痞子抢劫绑架了,而痞子挟持着两个日本生化专家来到一家日式料理店,又遭遇了店里的“厨子”、“戏子”及“厨子”的哑巴老婆,不久,日军察觉到了专家的失踪并得到线索将这家日式料理店包围起来。影片主要叙事集中于这家日式料理店,展开以厨子、戏子和痞子为主的地下党人同日本军人以病毒解药为核心的斡旋。