无级变速器的主要缺点有三个，分别为：

1. 传动效率低
2. 使用寿命短
3. 低温保护

AT/AMT/DCT变速箱都用齿轮换挡，传动过程中的损耗比较低；而CVT使用的是摩擦传动，用夹角可变的锥形轮推动钢带，钢带再推动从动锥轮以传递动力，就像是搬运货物使用的传送带一样。这种传动的方式会有较大的损耗，在其本就平平无奇的动力之上再缩减一些，车辆的动力和油耗表现自然会都很差。

在摩托车型里定位最低的是踏板摩托车，油耗最高的也是这种，这种摩托车就用无级变速器。

使用寿命短是因为磨损，正常驾驶过程中，锥形轮和钢带也是存在磨损的；如果在低温冷启动保护过程中强行驾驶的话，磨损程度就会比较大了；而锥形轮和钢带或钢链又是这种变速器的核心，一旦因磨损而报废，基本都要更换总成才行。CVT的使用寿命是不确定，网传有能使用到30万公里以上的，但是个人没有见到过一辆；比较多见的是10-15万公里报废或大修，少部分在10万公里以内损坏。

这些合资汽车更换变速箱总成的成本一般都会以2~3万元起步，高一些的会达到5~6万元，高端车基本不会使用这种变速箱，只有少数所谓的日系高端汽车品牌，更换总成的成本可超过10万。

最后一个缺点是低温保护，在气温低至零度左右的时候，变速箱会激活低温保护；车辆需要怠速热车，在加热防冻冷却液之后再加热变速箱油，达到阈值才能开始正常换挡加速；热车的时间短则几分钟、长则二三十分钟，其冬季油耗必然会飙升，颗粒物捕捉器也很容易堵塞。