次氯酸的发现很早，1843年，法国化学家Antoine Jerome Balard发现了次氯酸，方法是向一瓶氯气中添加氧化汞在水中的稀悬浮液，他还命名了次氯酸及次氯酸盐。一次世界大战中次氯酸盐溶液开始用于伤口消毒。

1976年，英国人J•E•Harrison 和 J•Schultz 发现人体自然免疫系统产生次氯酸。

The effects of neutrophil‑generated hypochlorous acid and other hypohalous acids on host and pathogens

如上图所示，人体免疫系统中白细胞在对抗细菌、病毒等病原微生物时，会形成吞噬体将病原体包裹其中，同时白细胞中的嗜中性粒细胞质膜上的氧化辅酶NADPH(烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸)被激活，中性粒细胞发生呼吸大爆发，大量消耗氧气并产生超氧阴离子(O2－ )，超氧阴离子进一步发生歧化反应生成过氧化氢（H2O2）,在髓过氧化酶（MPO）的催化作用下，过氧化氢与线粒体中的氯离子（Cl-）进一步反应就生成了次氯酸（HClO）.

反应方程式为：H2O2 2Cl－→2HClO。

哺乳动物和人一样，体内都能够生成次氯酸用来对抗病原体。