这时，爪哇杜马班朝已于上年（1292）被其葛郎（谏义里）地方长官哈只葛当（即查耶卡旺，1222年亡于杜马班朝的谏义里王室后裔）攻灭，葛达那加剌被*，其婿土罕必喏耶避居麻喏巴歇（今惹班），收集旧部与葛郎对抗。元军至爪哇，土罕必喏耶即遣其宰相献户籍、地图迎降。

三月一日，元军会师八节涧，于此立营，留部分兵力镇海口，然后进兵。土罕必阇耶遣人报告元军统帅说葛郎军来攻其地，请求救援，史弼等即率军赴麻喏巴歇，击退葛郎军。随即分兵三路与土罕必阇耶之军一同进攻葛郎都城答哈，哈只葛当抵抗失败，被迫出阵。

四月，土罕必阇耶请求回麻喏巴歇取所藏珍宝入朝贡献，史弼、亦黑迷失轻信其言许之，只派二部将带二百兵丁护送。道中，土罕必阇耶突然袭*元将卒，并纠集军队夹路攻击从答哈城班师的元军。元军且战且行三百里退到海口，慌忙登舟回国。元朝远征爪哇之役，损兵折将三千余，以失败告终。忽必烈对“爪哇得而复失”很不甘心，竟准备出兵十万再征，称“此事犹痒在心”，可见其征服*多么强烈。

爪哇之役曾一度影响了中国与海外各国的贸易往来，如至元二十九年因准备出征，“暂禁两湖、广东、福建商贾航海者”（《元史·世祖纪》）。战后，取消了禁海令，传统关系很快恢复正常。据《元史》本纪，元贞元年（1295）到至顺三年（1332）的38年中，爪哇（土罕必阇耶建立的麻喏巴歇朝）遣使来元达11次，此后则仅至正二十三年（1363）一次，应是顺帝朝本纪记载缺略。

至大元年（1308）元朝还遣使臣不达达思送爪哇使归国，致和元年（1328）元帝特诏“优护”爪哇国王扎牙纳哥。爪哇史料也记载，麻喏巴歇高级将领阿迪查哇尔曼曾两次出访中国，当即《元史》所载泰定二年（1325）和至顺三年来元的爪哇国臣昔剌僧迦里也（僧迦剌）。延祐年间（1314—1320），元朝国师曾“附市舶往阇婆国觅藏”。元时，泉州等对哈只葛当的处置有四种不同记载。《元史·爪哇传》谓其出降后，元军统帅“抚谕令还”；《史弼传》则谓“并取其妻子官属以归”；《高兴传》载元军遭土罕必阇耶攻击后，“遂诛哈只葛当父子以归”；爪哇史书《巴拉拉端》说他被关在戎牙路狱中，写了一首诗，然后死去。事实当是，元军从答哈班师时收他及其妻子，俘虏带走，关押于戎牙路，不久就死于狱中。

土罕必阇耶为何与帮助过他的元军反目为仇？《元史》只说他“既降复叛”，《巴拉拉端》说是因为元军要把葛达那加剌的公主作为战利品带回中国。

地商人经常到爪哇贸易，获利甚大，爪哇商船也往来中国、印度贸易，摩洛哥旅行家伊本·拔图塔就是在泉州乘爪哇商船西还的。

元朝与其他南海国家和地区也先后通使。至元十八年（1281）杨庭璧第二次出使俱蓝（详后），次年，其归途顺访苏木都剌（今苏门答腊北部东侧八昔河一带）、那旺（与苏木都剌相邻，今实格里，或谓即《元史》另见之马答国）等国，苏木都剌王土汉八的欢迎元使到来，遣其臣哈散、速里蛮入朝，那旺王忙昂比也遣使从庭璧来元。同年，元又遣阿耽招徕法里剌（又译别里剌、法而剌，今苏门答腊北部东侧兰沙西北）、阿鲁（今苏门答腊东岸巴鲁蒙河口）等国。

二十一年，福建行省遣使者八合鲁思招徕南巫里（又译南无力，今苏门答腊西北端哥打拉夜大亚齐）、法里剌等四国，均各遣使“以方物奉表来贡”，元朝“封法里剌王为郡王，佩虎符”。二十三年，南巫里、那旺、苏木都剌、丁呵儿（今马来半岛东侧丁加奴）、急兰亦带（又译吉兰丹，在丁呵儿北）等十国“各遣子弟上表来觐，仍贡方物”（以上均见《元史·世祖纪》）。二十九年，亦黑迷失出征爪哇途中，遣郝成、刘渊招抚南巫里、苏木都剌、法里剌、木剌由、毯阳（今苏门答腊东侧塔米阳河一带）等国，皆遣使来元，因暂时禁海，其使者留居大都年余，至三十一年遣还。元贞元年（1295），毯阳、法里剌、阿鲁三国酋长各遣兄或弟“奉金表来觐”（以上见《元史·成宗纪》、《亦里迷失传》）。

至元二十九年元朝遣宣抚使杨祥等入琉求（我国台湾）时，曾有军船到过三屿（今菲律宾吕宋岛），当地人“饷以粮食，馆我将校”；次年，忽必烈打算遣使招三屿，未成行。当时，三屿人经常到泉州贸易，其男子往往在泉州倾资文身，回国后大受尊重，“习俗以其至唐，故贵之也”（《岛夷志略》“三岛”条）。至大元年（1308），元朝还派使者米楫出使苏鲁国（今菲律宾苏禄群岛）。