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明朝，莆田另一个历史大事件，是设平海卫、莆禧千户所和六个巡检司。平海卫城、莆禧千户所城和六个巡检司城的筑建，是明洪武二十年（公元1387年）莆田最忙碌的大事，六百多年的时间，淹没了无尽的往事，至今仍保留的莆禧城，无疑是那一段历史最直接的物证。还有数以万人守卫城垣的将士和他们的军属，从祖国的四面八方迁徙而来，是唐末五代之后莆田最大规模的人口迁入，这些前所未闻的姓氏如今鲜活地保存在莆阳大地上，更是那一段历史最生动的档案。

明代，莆田读书人经过数十年的苦读，又掀起了一浪又一浪疯狂科举的浪潮，从科举上的一些数字可以读出“天下科举第一县”的文化自信与科举骄傲。明宣德七年（1432年），莆田县人宋雍中顺天府第一名举人，林同中福建省第一名举人，时称“一科两解元”。明景德四年（公元1453年）省乡试榜发，中式90名，莆田县籍占44名，时有“一邑半榜”之誉。明正德十六年（公元1521）会试，莆田县中式十六人，占是榜福建省进士数之半。明嘉靖四十三年（公元1543年）乡试中式，第一名黄继周，第三名黄谦，第四名林仰成，第五名江从春，林文宾应广西乡试中第二名，恰成“五经魁”之数，时誉为“五魁”。莆田县自洪武庚戌（公元1370年）至嘉靖戊子（公元1528年），凡五十二科，乡试举人一千一百十一人，甲榜进士三百二十四人，状元二人，永乐林环、景泰柯潜、探花四人，有林文、李仁杰、黄赐、戴大宾，会元一人陈中，解元二十五人。

莆田人疯狂科举，登第入仕，是古代中国进士、举人及官员人数密度最高的一个府。莆田士子入仕后兢兢业业，夙愿为公，或是朝堂的肱股之臣，或是主宰一省一府的封疆大吏，明一朝有三百人四品以上的官员。

按照明朝廷规制，官员请旨、奉旨勒建官宅，也是明朝兴化府城风光无限的秩事。至今保存在兴化古城的官宅还有明正统七年（公元1442年）进士翁世资，官至户部尚书，翁氏故府。明正统进士陈俊，历官户、兵、吏三部尚书，位于双池巷陈尚书第。明天顺元年（公元1457年）进士彭韶，官至刑部尚书，彭氏府第。明成化二年（公元1466年）进士黄仲昭，官至江西提学佥事，位于东里巷黄氏府第。明成化进士宋端仪，官至广东提学佥事，位于双池巷宋氏府第。明成化十四年（公元1478年）进士林俊，官至刑部尚书，加太子太保，位于河边巷的四世一品第……至今仍保存着数十座明朝中前期的官宅，是兴化府古城非常重要的历史文物，是这座“文献名邦”不可或缺的历史遗存。

遗留下的小西湖石碣

明成化三年（公元1467年），兴化府知府岳正率众疏浚城中濠道，辟小西湖，筑上、中、下三堰，小西湖边创建莆田乡贤祠。小西湖已是兴化府古城一面重要的历史人文景观。

明嘉靖三十年（公元1551年），明代著名思想家、教育家、宗教改革家林兆恩讲学于东山樵舍，倡立儒、道、释“三教合一”之说，民间广泛流传的三一教出现在莆田。气势恢宏的东山祖祠，宋代古井，晋代古樟，三一教的发祥地，全世界数以千计的三教祠、明夏堂的祖祠，也是兴化古城不可缺少的自然与人文相互辉映的景观。

数以千计的举人、进士，入仕后的飞黄腾达，权倾朝野，莆田籍达官贵人的声望如日中天，闻名天下。数百座二三进的官宅府邸，廊庑相连，天井错落，密布在兴化府城的城里城外。早已对莆田官民的藏富垂涎三尺，倭寇对兴化府发起了一次又一次的烧*抢掠，特别是从嘉靖二十三年（公元1544年）起，倭寇发动八次大规模进攻，企图攻破兴化府城，掠夺梦寐以求的“肥肉”。

明嘉靖四十一年（公元1562年）九月，抗倭英雄戚继光驰闽歼寇，取得了林墩大捷，并没有乘胜追击，彻底根绝倭寇之患。十月二十五日，戚家军班师回浙江。十一月，数以万计的倭寇直驱兴化府城下，围攻府城。十一月二十九夜，倭寇诈开了城门，对兴化府城展开长达月余的烧*抢掠，府学、文庙、县学、府衙、县衙，数以百计寺院宫观庙庵寺社祠，数以千座的官宅民居，毁于战火之中，兴化府城遭到了一次前所未有的洗劫与重创。数十座书院、藏书楼，不计其数的古籍孤本全部毁于一片火海之中。好在有妈祖保佑，一些重要的文化场所、寺宫庙观尚能安然无恙，留存着一缕可以追寻的文化血脉。

保存在三清殿内的四个城门的石门额

石兴化并不是被倭寇强攻破城的，但其西北城墙的薄弱防御措施也是这次被破城的重要原因。在倭寇刚刚被歼灭完毕之后，兴化府知府进行了“亡羊补牢”的修建，明嘉靖四十三年（公元1564年），知府易道谈在城西北筑墙，高七尺，北门至西水关筑土墙四百五十丈，西水关至西门筑石墙六百三十四丈五尺，增设敌台六座，加强了城市的防御能力。明隆武五年（公元1571年），重建了鼓楼。

数以百计分布在朝廷与各省府县的莆田籍官员，急家乡之所急，忧莆田之所忧，纷纷慷慨解囊，捐资重建书院书堂书社祠堂和寺院宫庙观庵。南京御史林润上奏《请恤三府疏》，特请朝廷免兴化府租赋三年，以安黎明，休养生息。嘉靖四十三年（公元1564年），林润奏请朝廷拨银三万两，重建兴化府学，建学舍四十间，会文楼一座。

在兴化府城重建历程中，莆田士子所呈现的爱心是博大而又深沉的，在不到十年时间内，在倭乱之中被烧毁的书院书堂书社、寺庙宫观得以全部恢复。这些来自民间的巨资，是莆田人爱乡恋祖情怀的优异表现，特别是所有的家族都遭受过倭寇的洗劫之后，尚能慷慨，无私地助力公益事业的重建。

擦干血迹，重建了书院、书堂、书社，重建了府学、县学。擦干眼泪，从艰难处重新站起，读书作文。自嘉靖四十四年（公元1565年）起，莆田人依然在科举上高歌猛进，在此后二十七科中，每科都有莆田士子中进士，共有一百二十八人。在二十七科乡试中，共有五百六十六人中举人，一人中解元。

在这些科第中入仕的莆田士子，在官场上也是出类拔萃的。陈经邦，明万历皇帝的国师，周如磐，明光宗朱常济、明熹宗朱由校两朝皇帝的国师，官至太子太保、东阁大学士、内阁首辅。林道楠、林尧俞等入选二十四史的历史人物，还有民族英雄朱继祚、王家彦、林兰友、周金汤等。