第三阶段：
克雷布斯循环（ 三羧酸循环）由一系列酶促进反应，在这个循环中一旦氧气参与了反应，就可以制造更多的ATP，丙酮酸本身含有三个碳原子，经过丙酮酸的氧化脱氢反应后会脱落其中一个，生成仅含两个碳原子的新分子，这种新产物就是乙酰辅酶A，它可是克雷布斯循环里的重要角色，它让一个四碳化物与乙酰辅酶A脱水缩合，形成碳化合物——柠檬酸，所以克雷布斯循环也叫柠檬酸循环的原因就是因为这个分子，在这个化学反应过程中可以得到4个ATP，其中有两个是来自克雷布斯循环。
第四阶段：
在产生ATP的过程中，产生的新产物还含有10个NADH及最新产生的2个FADH2分子。利用这些剩余产物将会产生大量的ATP，这个过程叫做“氧化磷酸化”。借助氧气和磷酸反应，NADH和FADH2分子通过一系列步骤转移传递电子，这个过程叫做“电子传递链”，电子穿过线粒体内膜，电子传递链将它们带入线粒体内部，过程中释放出一些能量，使得线粒体膜内外产生稳定的氢离子梯度力，这种梯度可以推动ATP合酶，催化磷酸和ADP合成ATP。
通过上面的四种阶段所产生的ATP，2个ATP直接从糖酵解（第一阶段）中获得，另外2个从克雷布斯循环（第三阶段）中获得，十个NADH每个各产生3个ATP（也就是30个ATP），两个FADH2每个各产生2个ATP（也就是4个ATP），这样一共就产生了38个ATP。
每个葡萄糖分子在基本条件下，最后还有产生代谢物——水和二氧化碳，这是一个很有趣的过程，因为ATP由最初的2个演变成了38个，从中不需要其它因素，只需要一点氧气和一点酶，就能产生这么多的ATP了。
葡萄糖本身只是一种单糖，但是我们也可以利用更多复杂的糖类，把它们分解成更简单的糖类，然后它们就可以通过上面类似的过程——糖酵解，克雷布斯循环，氧化磷酸化来获取更多的ATP。
我们的血液中就溶解着一些葡萄糖，以备细胞所需，但是葡萄糖成分的多少取决于食物、运动、时间以及有没有糖尿病，低血糖也会很危险的，尤其是如果大脑供糖不足，而血糖是其唯一的能量来源。以应不时之需，我们的身体会将多余的葡萄糖转换成——糖原，这种含淀粉类的物质通常存于肝脏和骨骼肌中，当身体急需能量的时候即可调用，当肝脏察觉到全身血糖低时，会分解一些糖原来作为燃料，运动的时候肌肉也会利用这些糖。
虽然说脂肪是能量分子，但是脂肪不只是一个能量仓库，它本身也是一种组织，当身体需要使用贮存的脂肪时，首先会把它分解成脂肪酸和甘油，通过上述所探讨的反应最后会得到熟悉的物质：乙酰辅酶A、NADH及FADH2，接着乙酰辅酶A进入克雷布斯循环，就像葡萄糖分子一样的流程。
而脂肪与葡萄糖的真正区别在于ATP的利润，通常一个脂肪分的子有16个碳原子，反应最后会有21个ATP来自NADH，14个ATP来自FADH2，96个ATP来自乙酰辅酶A，合计起来共有131个ATP。
这些数字不是一定的，因为这是多种碳的组合而成的，不管怎么样，这可是数量很多的ATP，脂肪分子的确比葡萄糖分子更大，但1克脂肪净获得的ATP是1克葡萄糖的2.5倍，这正是以脂肪贮存能量的原因。
