1949年6月，肥城县行政区划为10区1镇，即第一区（城关）、第二区（巧山店）、第三区（安临站）、第四区（王庄）、第五区（王瓜店）、第六区（湖屯）、第七区（石横）、第八区（安驾庄）、第九区（高淤）、第十区（边院）和城关镇。1951年，将上营、王先庄、代家河、杨家庄、侯家庄、李家峪6个自然村划归长清县。1958年3月，将西北部的段家天井、铁山、荒场等3个自然村划归平阴县所辖。同年9月，全县先后建立14个人民公社，即城关、仪阳、安临站、王庄、王瓜店、湖屯、石横、安驾庄、汶阳、边院、桃园、马家埠、过村、孙伯。

1959年7月，将长清县的双泉、马山、五峰3个人民公社共177个自然村划归肥城县。1960年1月，撤销过村、马家埠、五峰三个人民公社。

1961年5月，将马山、双泉2个人民公社177个自然村复划归长清县。全县时辖12个人民公社、57个管理区、572个生产大队。1982年3月，增设刘家庄镇。1983年12月23日，全县行政区划改为1镇12区。1985年11月5日，全县行政区调整为9镇8乡593个行政村。

2001年2月，将东陆房乡并入安临站镇，马家埠镇并入安驾庄镇，过村镇并入边院镇，全市行政区划为1个办事处、12镇、1乡，即新城办事处、老城镇、潮泉镇、王瓜店镇、湖屯镇、石横镇、桃园镇、王庄镇、仪阳乡、安站镇、孙伯镇、安庄镇、边院镇、汶阳镇，共607个村（居）民委员会。

2010年6月，经山东省人民政府批准，撤销老城镇，以其原行政区域设立老城街道办事处，办事处机关驻原老城镇政府驻地；撤销王瓜店镇，以其原行政区域设立王瓜店街道办事处，办事处机关驻原王瓜店镇政府驻地；撤销仪阳乡，以其原行政区域设立仪阳镇，镇政府驻原仪阳乡政府驻地。

2012年10月，经市政府研究决定，将桃园镇黑牛山村、长山洼村、闫家洼村3个行政村合并，设立桃园镇黑牛山村民委员会，至此，肥城市行政村由607个变更为605个。

2016年1月，经山东省人民政府批准，撤销仪阳镇，以其原行政区域设立仪阳街道办事处，办事处机关驻原仪阳镇政府驻地。

全市行政区划为4个街道办事处、10个镇，即新城街道办事处、老城街道办事处、潮泉镇、王瓜店街道办事处、湖屯镇、石横镇、桃园镇、王庄镇、仪阳街道办事处、安站镇、孙伯镇、安庄镇、边院镇、汶阳镇，共605个村（居）民委员会。