性别分化通常在花蛤的生长过程中发生。初期阶段的花蛤是性别不明的，但随着生长，它们逐渐发展出雌性或雄性生殖器官。性别分化的机制和调控因素仍然是研究的热点之一，对于理解花蛤的生殖生态学非常重要。

一旦花蛤发育出雌性和雄性生殖器官，它们就可以进行交配。交配通常发生在水中，雄性花蛤释放精子，而雌性花蛤接受精子并将其储存在体内，以备受精卵的时机。

交配的时机和频率受到多种因素的影响，包括季节、水温、养分水平等。研究者们已经注意到，花蛤在不同的栖息地和环境条件下可能表现出不同的交配模式。

产卵是花蛤繁殖过程中的下一个重要步骤。雌性花蛤通常在体内受精后，将受精卵储存在体内，直到适当的时机产卵。产卵的时机同样受到环境因素的影响，通常在适宜的季节和水温条件下进行。