如果是商品化生产用苗量比较大，就需要有专门的育苗棚室，在正式育苗前，要对棚室做好消毒*菌，并增设保暖增温设施设备。
灯笼椒最高效便捷的育苗方法是采用72孔穴盘进行育苗，基质配比较成熟的配方是6份草炭土 3份珍珠岩 1份蛭石。小规模生产可采用6X6的营养钵育苗，但是育苗效率较低，且搬运秧苗较为不便。
彩椒的日历苗龄一般为两个月，因此在播种前要根据定植时间来推算好播种时间，不宜盲目提前，育出的成苗如果因为温度等原因不能及时定植，容易因为苗龄过长而造成定苗后不好缓苗。
催芽后的种子发芽率更有保障，播种时每播种穴一粒种子即可，播种后用配置好的基质进行覆土，厚度保持在0.6-1厘米为宜，覆土后覆盖白色薄膜，保湿增温。
温度是影响灯笼椒播种后出苗速度和和育苗质量的关键因素，出苗前温度调控的原则是“提温促芽”，适宜的温度范围介于30-32℃，温度低发芽慢，质量差整齐度差，基质低温高湿还可能造成粉籽。
管理得当的前提下，5天左右会有60%左右的种子拱土，此时就需要揭开薄膜，播种后7天基本全苗，此时要适当降低环境温度，昼夜适宜范围为23-25℃~12-15℃，温度偏低长势慢，但是温度偏高尤其是通风不良的高湿环境下，温度偏高很容易发生徒长，形成弱苗。
如果是先在育苗床上播种然后再分苗移栽，分苗的最佳时间是真叶明显露头的两叶一心期，此时幼苗根系相对较少，分苗过程中对根系的损伤也较小，容易缓苗，分苗后的缓苗阶段的昼夜温度应调控到25-27℃~15-20℃，适当提高温度有利于生发新根，促进苗势恢复。
在灯笼椒下地定植前，要通过控温来进行练苗，这样可以有效提高定植后秧苗对低温等不良环境的适应能力，练苗在定植前一周进行，昼夜温度调控范围为18-20℃~8-10℃。
