当使用Sai2上色时，会出现线稿被覆盖的情况，这是因为Sai2的上色工具实际上是添加颜色在图层上而不是直接在线稿上进行着色。由于图层与线稿是分开的，添加的颜色会覆盖线稿。

这种设计可以让用户更轻松地进行修正和调整，因为颜色是可编辑和可单独处理的。

用户可以使用不透明度和橡皮擦工具来消除线稿上的颜色，以便作为上色参考。尽管覆盖线稿可能会稍微降低效率，但在后续的调整和修改过程中提供了更大的灵活性和可控性。

Sai2上色的时候可能会覆盖线稿是因为绘图软件的图层机制导致的。一般来说，线稿是放在底层的图层上，而上色则是在线稿的上层进行。

当我们使用画笔或者填充工具进行上色时，如果没有选择正确的图层或透明度设置不当，就会覆盖线稿。

另外，还有一种可能是线稿的颜色和上色所用颜色过于相似，所以看起来就像是线稿被覆盖了。为避免这种情况，可以分别在不同的图层上进行线稿和上色，或者调整线稿图层和上色图层的透明度，保证线稿清晰可见。