第三部不仅在选角上有大变化，取景上也与前两部较大不同。
根据当年幕后采访，导演曾想前往故宫拍摄，但没有获批，最后太和殿、御花园等皇宫外景仍放在北京太庙、北京大观园拍摄，主场景--小燕子与永琪生活的景阳宫及其他一些宫内场景则在昔日的北京农学院里的摄影棚搭建的，即现在农学院体育馆，也是《霸王别姬》的取景地；第二部中的紫光非遗文创园（原老北京风情园）“会宾楼”在这一部里变成了皇宫内的 “藏书阁”，抓鹦鹉“坏东西〞的地方成了 “方家遗址”，尔康与第剑谈话的地方成了 “夏兩荷之墓”；
第三部大量四合院、街道场景都是在星美今晟影视城取景，该影视城于2020年被拍卖，现已不对外开放；
一开始小燕子参加“跳骆驼大赛〞的地方是团城演武厅，新版“幽幽谷”在龙门涧，老佛爷为知画祈福的寺庙是石景山法海寺；
第三部缅甸部分原构想于云南西双版纳取景，由于成本过高而放弃，剧组曾计划改道去广州香江野生动物园取景，但最终在北京世界公园及十三陵德陵完成了拍摄；
在第一二部中以空镜头出场的扬州，在这一部中成为实实在在的取景地，乾隆南巡“杭州”，其实都是扬州，包括何园、个园以及瘦西湖；
最后一集第剑晴儿在大理洱海大婚，根据花絮资料，也是在扬州拍摄，是今凤凰岛景区。
本剧由于当年拍摄过程严加保密，且年代久远，很多峡谷草原的场景无法一一确认，尚待考据。
《还珠格格》剧照
剧中--杭州西湖出现时间： 第05集 30:18 第05集42:06 第06集03:31 第06集10:57 第07集02:29 第07集28:05
地点：五亭桥（瘦西湖） 扬州市邗江区大虹桥路28号瘦西湖风景区内
五亭桥是中国古代桥梁建筑的杰作，位于国家5A级景区——江苏省扬州市瘦西湖内，是扬州市的地标建筑。五亭桥始建于乾隆二十二年（1757年），仿北京北海的五龙亭和十七孔桥而建的，又叫莲花桥。“上建五亭、下列四翼，桥洞正侧凡十有五。”建筑风格既有南方之秀，也有北方之雄。中秋之夜，可感受到“面面清波涵月影，头头空洞过云桡，夜听玉人箫”的绝妙佳境，具有极高的桥梁工程技术和艺术水平。
五亭桥（瘦西湖）--实景图
五亭桥（瘦西湖）--实景图
