剧中的疯帽匠是一名专业催眠师，能控制人们的思想，只要让他们听他的声音，他从他妹妹爱丽丝的血中创造出一种病毒，可使人进入嗜*成性的疯子般的状态（警监巴恩斯就是感染了这种病毒）。杰维斯企图在市长奥斯瓦尔德·科波特的哥谭创建者晚会上让各位政要喝下掺了血的酒，但被警监纳撒尼尔·巴恩斯阻止，由此杰维斯和同伙被关入阿卡姆疯人院。不过猫头鹰法庭与刺客联盟完成了杰维斯的工作，引爆一颗炸弹将病毒散布到整个引爆区域。于是，戈登和布洛克收取杰维斯的血来制作解毒剂。
本季出现了一个新的大反派猫头鹰法庭。猫头鹰法庭（Court of Owls）是美国DC漫画旗下超级反派秘密组织，初次登场于《蝙蝠侠》第2卷第2期（2011年10月）。
在哥谭市流传着这样一段恐怖童谣：
当心猫头鹰法庭，时刻监视你出行。
暗处窥望哥谭市，藏于矮墙阁楼间。
居于家中他同在，卧及床间他亦存。
万莫提及他名号，利爪将你头来寻。
在阴暗的哥谭市，有着这么一个传说。传说在哥谭的夜晚有着一群黑暗中的行者，他们掌控着这座黑暗的城市，在这座城市中，任何违抗他们意志的人都将被猫头鹰的利爪所消灭，即使你是城市的支配者——韦恩家族也一样。种种事情的发生，背后指使者慢慢浮出水面。
在这一季中，布鲁斯·韦恩的蝙蝠侠才初具雏形，他在经历种种事件之后终于放下了心中为父母报仇的执念，找到了自己要守护的东西——哥谭。
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