如果不这样做，机械乌贼就会大举攻入锡安*死那全部的1%的脱离掌控的人类。所以，在这个尼奥之前已经有五个救世主曾经来到过这里，而锡安也已经被摧毁六次了。但，此刻的尼奥却始终心系身处险境的恋人崔妮蒂，他最终没有像前几代悲天悯人救世主一样做出牺牲自我重建锡安的决定，而是选择去救崔妮蒂。

最终，尼奥在千钧一发之际救下了崔妮蒂，而向着锡安推进25万机械章鱼大军的脚步也丝毫没有停止……

在三部曲的终章，机械乌贼已兵临城下，人类一方已经做好了背水一战的准备，另一方面又派遣尼奥和他的恋人崔妮蒂暗中偷袭“矩阵”的中枢控制器，以期能够解锡安之围。在第二部中已经成为超级病毒的史密斯继续在虚拟世界中无限扩散，大有吞并整个“矩阵”的势头。

此刻，深入敌腹的尼奥与“矩阵”达成秘密协议：通过消灭史密斯来换取锡安全体人类的安全。