新版《寻秦记》前期的故事比较轻松，主角们该吃吃该喝喝，几乎都没干什么正事儿。自从赵倩公主领了盒饭之后，项少龙回家途中飞船却发生爆炸，星云改名为琴清，赵盘也回赵国做了城守，这时候剧情稍微正经了些。不过观众们纳闷的是嬴政迟迟没有回秦国，他还能成为秦始皇吗？

后来的剧情比较紧凑，为了给项少龙、星云和赵盘三大主角铺路，配角们都是挨个领盒饭。

赵穆处心积虑对付乌家堡，不惜谋*赵国王后，然后嫁祸给乌应元。赵王昏庸无能，听信了赵穆的谗言，赵穆随后带重兵踏平吴家堡。乌堡主真是可怜，又是晕倒又是吐血，最后还中了一箭。乌应元卒。

老版《寻秦记》中，乌廷芳最后与项少龙在一起，是一个好结局，新版完全不同。连晋和乌廷芳本来已经成亲，但连晋一直对项少龙心怀忿恨，他认为乌廷芳真正喜欢的仍然是项少龙，因爱生恨，竟然在一片花海中夺去了乌廷芳的贞洁。乌廷芳卒。

看剧的时候，一直以为连晋后面会变成嫪毐，新版又一次出乎意料。连晋和项少龙决战，项少龙原本打不过连晋，多亏了星云在一旁用言语让连晋分神，项少龙趁机用一招漂亮的“燕返”击*连晋。连晋卒。