《最终幻想6》加入了新颖的Espers魔石系统，角色装备魔石后参加战斗，可以获得一定的能力点数（Ability Points，简称AP），达到一定程度后就可以学会魔石对应的魔法。同时魔石还带有召唤兽属性，每场战斗中可以召唤一次，比起普通魔法威力更强大，合理使用有着事半功倍效果。

游戏的故事不再局限于系列传统的奇幻风格，取而代之的是机械和魔法共存的世界，帝国统治者和反抗势力为了争夺神秘少女泰拉（Terra）展开了剧情，原本看似普通的战争，却因为第三方邪恶力量的出现，导致了整个世界的崩溃，玩家和同伴踏上了充满挑战的冒险旅程。

本作中玩家可以体验的角色多达14人，远远超过了系列以往作品，再加上丰富的种族职业，让故事剧情设计有了更广泛的可能，流程后期玩家可以自由选择队伍构成，不同的组合会在一些节点影响对话情节，同时某些部分也会强制玩家使用某角色。《最终幻想6》中每个人物都有着吸引人的背景故事，除了游戏主线流程外，还有很多支线任务，完成之后可以深入了解角色，包括人物之前的经历等，让玩家有了极大动力深入探索整个游戏世界。

《最终幻想6》发售后取得巨大成功，《FAMI通》给出了37分白金殿堂评价，游戏整体设计的进化，让玩家看到了传统像素游戏在故事表现手法的重大突破，史克威尔展现了“电影化游戏”理念，并在之后32位主机时代转投索尼阵营，开发出《最终幻想7》为代表的更多优秀作品，这是后话。