由于和其他鳖种长得很像，斑鳖在野外被捕后难以得到及时的保护，其待遇和普通甲鱼无异，野生种群因此遭到滥捕。在2005年，国内的保护团体开始关注斑鳖，但当时全球的活体斑鳖已经极为罕见，清点出的数量只有6只，中国有5只，越南有1只。

斑鳖数量稀少的原因，还与栖息地的变迁有关。斑鳖是一种大型肉食动物，自然摄食量大，需要广阔的水面、丰富的食物资源才能维持生存。因此，斑鳖对栖息地的要求很高，国内最具代表性的栖息水域就是太湖。

太湖湖型浅而广，藻类密度高，底部淤泥深厚，食物资源多样，适宜作为斑鳖的狩猎场、繁殖场。历史上，斑鳖的确曾在太湖广泛分布，湖区的鼍头渚、鼍山都和斑鳖有关，老一代渔民口口相传的“太湖巨鳖”也多为斑鳖。

但从上世纪50年代开始，太湖的生态环境发生巨变，水体呈现富营养化倾向，氮磷污染加剧，水环境不再适合斑鳖的生存。另一方面，太湖的渔业和生态也陷入了两难的困局，鱼的种类和资源量不断减少。

50年代时，湖区监测到的鱼种仅有63种，蛇鮈、银鲴等具有地区性经济价值的鱼类濒于绝迹。60年代，太湖流域兴建闸坝，洄游性鱼类的繁殖通道被截断，自然种群几近消失。到了70年代，大规模的围湖造田则导致湖滨湿地急剧减损，湖泊面积减少了13.6%，161平方公里的湖荡消失，定居性鱼类的产卵场大幅度萎缩。

伴随着太湖生态的变迁，湖中的斑鳖也开始销声匿迹。根据陈晶等学者的报道，最近50年来太湖流域再未发现过斑鳖的踪迹，由此可反推，太湖斑鳖在70年代或已绝迹。