再障的预后与临床类型、全血细胞减少(主要是粒细胞和血小板减少)的程度和骨髓再生障碍(尤其是造血细胞减少)的程度有关。急性再障预后差，患者大多于起病后数月至一年内死亡。最多见的死亡原因是感染和颅内出血，但免疫抑制剂（ATG 环孢素）或骨髓移植治疗一旦成功则有希望治愈。慢性再障经过补肾中药治疗大多可长期存活。疾病初期造血障碍程度和治疗开始后病情的演变趋势与再障生存期长短密切相关。不少患者虽然骨髓增生仍低下，但贫血程度减轻，病情稳定。这些经一般治疗缓解的病例，并不意味着真正的治愈，因为不少病例血小板数、骨髓培养集落形成能力及造血器官的应激能力较长时间仍低于正常。只有治疗获得成功并取得长期存活，随访10年以上，方可看作真正的治愈。