1949年4月24日凌晨，中国人民解放军占领总统府。建国后，总统府大院长期作为市级及省级机关的办公机构所在地。从1980年代中期开始，省政府、省人大及民主党派等单位陆续迁出办公，总统府开放面积不断增加，展览内容愈加丰富。

2000年，选址在总统府的“南京中国近代史遗址博物馆”扩建工程起动。2003年3月1日，博物馆馆区一、二期工程竣工，开放面积由4万平方米扩大至近9万平方米。4月15日，经物价局核准，门票为40元。

2004年1月，总统府被评为国家4A级旅游景区。2007年12月，原址位于长江后街4号的陶林二公祠移建到总统府东苑。2013年5月，总统府建筑群以“孙中山临时大总统府及南京国民政府建筑遗存（1912－1949年）”名称，被核定公布为第七批全国重点文物保护单位，总统府成为国内稀有的双国保单位。

总统府建筑群规格之高，面积之大，类型之多，是中国近代史上保存最为完整、规模最大的府衙建筑群，在民国建筑中首屈一指， 也是中国近代历史十分珍贵的实物见证。