苦瓜持续开花、坐瓜能力强，第一次开花和坐瓜后，会连续开花坐瓜至整个栽培期结束。采收苦瓜时，不可用手强拉硬扯，要用剪刀剪断果柄采下。出售的商品苦瓜，在果实大小基本定型、瓜皮为绿色或白色（因品种而异）、种子尚未硬化时采收较好。商品苦瓜采收过晚，肉薄，纤维增加，嫩脆度下降，且影响后续瓜的产量；若达到黄熟时采收，则无法出售和食用，只能丢弃或作种用。结瓜盛期每隔2天采收1次，以后根据情况每隔3～4天采收1次，直至采收结束。留种用的苦瓜，果实60%～70%转黄时采收，随采收随取出种子，用水冲洗干净后晾干备用。