巴拿马位于中美地峡南部，南濒太平洋，北临加勒比海，东连哥伦比亚，西接哥斯达黎加。纵贯国土中部的巴拿马运河，是沟通大西洋与太平洋的交通要道，有“世界桥梁”之称。海岸线长2988千米，全境地势起伏，沟谷纵横，除南北沿海为平原外，多为山地。巴鲁火山为全国最高峰，海拔3475米。

临近赤道，属热带海洋性气候，年均温23°C~ 27°C。全年分旱、雨两季，4~ 12月为雨季，降水充沛。有400余条河流，较大的有丘库纳克河、图伊拉河、切波河和查恰雷斯河。

巴拿马运河位于巴拿马共和国的中部，是太平洋和大西洋的重要航运要道，全长81.3千米，水深13~15米不等，河宽150 ~ 304米，被称为“世界七大工程奇迹之一”。巴拿马运河是水闸型运河，水位高出两大洋26米，设有6座船闸。每组水闸都是成对的，船只可以双向同时通过。