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1546年，他作为前任座主根敦嘉措的转世，被僧人们迎进哲蚌寺，这也是黄教实行活佛转世制度的开端。
1578年，索南嘉措到青海地区传教，说服了蒙古土默特部首领俺答汗结依佛门，双方互赠尊称，索南嘉措被称为“圣识一切瓦齐尔达喇达赖喇嘛”。
达赖在蒙语中有“大海”之意，而喇嘛是藏语中的“大师”，而索南嘉措的称号的意思大致是：在显宗和密宗中修炼到最高成就，超凡入圣且学识渊博如大海一般的上师。
索南嘉措
当时俺答汗已被明朝封为顺义王，索南嘉措请他代为向明朝皇帝请封，而索南嘉措本人也向张居正致函，请求朝廷赐封。
1587年，明朝正式承认达赖喇嘛的称号，并派使节敕封。索南嘉措被册封为三世达赖喇嘛，前两世由世人往前追封，即宗喀巴的弟子根敦朱巴为一世，而根敦嘉措为二世。
清政府统一中国，为了巩固中央集权，对西藏实行有效的管理制度。
顺治皇帝
1652年，顺治皇帝邀请五世达赖喇嘛进京，并特地为他建立规模宏伟的黄寺，以便于长期居住。
第二年，顺治正式册封五世为”西天自在佛、所领天下释教普通瓦赤喇恒达赖喇嘛“，并授予金册和金印，从此“达赖喇嘛”的称号具有政治意义和法律效义。
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而且，“达赖喇嘛”必须要经过朝廷的册封，才算合法，也在一定程度上确认了清朝对西藏的统治地位，同时，西藏的政局也渐渐被黄教主导。
在达赖出现百年后，班禅也就出现了。虽然班禅和达赖一样都是宗教领袖，但是班禅最初只是为了维护达赖的地位才出现的。
