28岁那年，四世达赖突然圆寂。

控制后藏地区的藏巴汗疑心四世达赖曾经诅咒自己，又忌惮对方的宗教影响力，因此在很长一段时间内都不允许寻找达赖的转世灵童。

如果寻找灵童的仪轨无法举行，那就意味着四世达赖不能“转世”，整个达赖传承体系甚至极可能就此断绝。

在这样的危机局势下，四世班禅一方面顶着压力、前往主持哲蚌寺色拉寺的寺内事务，实际上承担了格鲁派寺院集团的领袖之责；一方面利用自己在藏巴汗面前的影响力，多次请求启动寻找达赖灵童的程序。

五世达赖得以按照正规仪轨走完寻认、受戒、坐床等一系列仪式，并避免了多股势力在其中的争夺倾轧，四世班禅确确实实出了很大的力。

因此，等到五世达赖阿旺罗桑嘉措长到能够受戒的年纪，顺理成章地也拜了四世班禅罗桑却吉坚赞为师。

两人不但在佛法上互相探讨，遇到重大政治决断更是共同进退。

明朝末年，班禅与达赖共同决定邀请固始汗入藏，后又遣使前往盛京，主动向清太宗皇太极表达归顺之意，这两个决断基本奠定了此后格鲁派的地位。

固始汗将“班禅博克多”尊号赠予罗桑却告坚赞，再经康熙皇帝正式颁布金册，班禅一系“永持扎什伦布寺，管辖后藏”的地位也自此确定下来。

由于政治上被提到了足够重要的位置，同属格鲁派的达赖系统与班禅系统其地位随之水涨船高，影响力扩张到整个藏传佛教界以及藏蒙地区。

四世班禅与四世达赖、五世达赖之间“两世师徒”的关系，成为了两大系统“以年长者为师”的起源和雏形。