随着“剃须令”与“易服令”的贯彻执行，俄罗斯风气骤然一变，清风迅速吹遍了全国，彼得趁热打铁，下令废除拜占庭式的传统历法纪年，改用恺撒大帝创立的《儒略历》。与此同时，他宣布取消妇女必须幽居深闺的习俗，把她们从深宅大院里解放出来，走进社会的海洋里，参加社交和各项社会活动，他亲自组织举办“大舞会”，请社会各界要员带着自己的妻子女儿前来参加，为俄罗斯妇女的解放，从家庭走向社会，走向世界，提供了更为广阔的历史空间。
比剃须易服更具风险的变革，是彼得对射击军的彻底清算。毋宁说，这是一场雷霆一般残暴而血腥的严厉镇压。
客观地说，彼得与射击军结怨已久，积怨很深。从他10岁登基那天起，射击军就在他的同父异母姐姐索菲娅的煽动下，与他作对，先是围攻克里姆林宫，*害了他母亲纳雷什金家族40多人，虽未将他赶下台，却在他头上强行安置了一位伊凡皇兄，并将他和母亲赶到了普列奥勃拉任斯科耶村皇家离宫；后来在他结婚娶妻面临亲政，与索菲娅展开权力争夺大战之际，射击军再一次站在索菲娅一边，企图发动政变，将他废黜，或者还要把他*掉呢。所有这些深重的历史怨恨，凝结在彼得心头，磊磊如丘山，是无法化解的。在彼得战胜索菲娅，大权在握之后，对射击军采取分化瓦解逐步消弱的步骤，也是不可避免的。他先是将射击军调离莫斯科，并剥夺他们的特权，使之全部转为作战部队。1695年，彼得率军进攻亚速城，命令一部分射击军随军远征，并在取得亚速城堡攻防大战胜利后，令4个射击军团就地守城，不得返回原驻地，其余射击军团士兵也被派遣到亚速城和俄国西南部地区，说是驻守边疆，不如说是发配遣放。如此几年之后，射击军的嚣张气焰渐渐熄灭，他们心头的暴戾之气，也在渐渐滋长。射击军本人在荒僻之地艰难地戍边，甚至饥寒交迫，他们的家属也在内地弄得衣食不继，怨声载道。他们做梦都在怀念索菲娅当政时期的辉煌岁月，暴乱之心如俄罗斯冬天的万里寒流，随时鼓涌*动着。在彼得率团出访欧洲之前，射击军上校伊凡·齐克列尔企图发动兵变，岂料出师未捷身先死，起事者被*了个一干二净。如此血海深仇，怎能善甘罢休？
1698年3月，射击军趁彼得出访未归，发动叛乱。从亚速城开往立陶宛边境的4个射击军团的175名官兵，调转枪口，进军首都莫斯科，围困皇宫，要求减轻劳役，补发军饷。临时执政的罗莫丹诺夫六神无主，只得满足了他们的要求。正在波兰访问的彼得闻讯大怒，严厉叱责罗莫丹诺夫软弱无能。这时候的射击军已是欲壑难填，他们通过索菲娅的妹妹玛尔法·阿列克谢耶芙娜，与索菲娅取得联系，诉说不幸遭遇，希望得到支持。困居在莫斯科河畔新圣母修道院的索菲娅正中下怀，她早就渴望借助射击军的力量，谋求翻身得到解放，一举夺取政权。两股势力合流，一场大动乱随即爆发了。6月6日，2000余名驻守在西部边境的射击军将士，全副武装地冲向莫斯科，企图占领皇宫，扶植索菲娅上台，并在回国途中干掉沙皇彼得。身在国外的彼得严令镇压，临时执政的罗莫丹诺夫调兵遣将，迅速粉碎了这场叛乱，100多名主犯统统被绞死，其余人员被流放边疆。
彼得回国之后，对如此处置很不满意，决定成立审讯委员会，重新审理这起叛乱事件。彼得在普列奥勃拉任斯科耶村设立了14间审讯室，将参与叛乱的1741名射击军官兵分批押来，严刑逼供，以挖出暴乱的幕后黑手。他的矛头，直指困居在新圣母修道院的索菲娅。他的审讯，可谓残暴酷虐，令人股栗。他下令在村子里点燃几十堆柴火，日夜哔哔啵啵燃烧，犯人一旦拒绝认罪，就被拉去烤火，烧得皮肉吱吱冒烟，一片鬼哭狼嚎，然后拿皮鞭噼哩啪啦抽打，直至皮开肉绽，死去活来。犯人昏蹶之后，用冷水哗啦泼醒，再抓起燃烧的木柴插肌肉，烧脚心，用铁钳掰断手指，折断肋骨，等等。如此酷刑，直令山河变色，日月无光。犯人的厉声惨叫裹着一阵阵烧灼皮肉的恶臭，在空中盘绕，许多人吓得灵魂出窍，心惊胆战，彼得却呵呵大笑，兴奋地亲自动手虐囚，咬牙切齿地痛骂叛乱奸贼！大主教阿德里安实在看不过眼，手捧圣像来到村里，乞求沙皇仁慈开恩，彼得大吼一声：“滚！”在他眼里，对这些胆敢犯上作乱的歹徒，无论如何严惩，都不为过分。酷刑之下，射击军士兵瓦斯卡·伊格纳捷夫和五百人长阿尔图什卡·马斯洛夫终于招供，承认索菲娅参与了叛乱，可是索菲娅铁嘴钢牙，拒不认罪，彼得没抓到叛乱证据，对她无可奈何。
随后开始的对射击军的处决，令莫斯科全城为之毛骨悚然，震颤不已。201名罪犯被当场吊死；100名年龄在15至20之间的年轻罪犯，被脸上刺字，发配到西伯利亚服苦役；其余720名罪犯，一律遭到虐*，有的被绞死，有的被磔死，俗称五马分尸，还有一些被沙皇彼得亲自挥刀砍去头颅。从1698年9月至1699年2月，这场持续半年的大审讯，残酷处死了920多名射击军。彼得尤不解恨，下令将那些匪首的尸体运往全国各大城市，游行示众；所有被处死的罪犯，一律暴尸5个月。彼得随后宣布永远解散射击军，其组成人员都被遣送到远离莫斯科的地方劳动改造，不得自由迁徙，那些被处死的罪犯家属，也统统被赶出了莫斯科，押解到穷山恶水的远方去自生自灭。
对野心不死的宿敌索菲娅，彼得尽管没有抓住她参与叛乱的确凿证据，但认定她就是幕后黑手，绝对不会轻饶。他命人将3具烧焦变形的射击军尸体吊挂在索菲亚住所窗前的树枝上，在每具尸体上都塞上一张写满字的纸条，暗示这就是索菲娅写给射击军密谋叛乱的信函。到了这一步，这个意志坚强的老沙皇之女，终于几近崩溃，披头散发歇斯底里嚎叫起来。彼得宣布免去她的所有名誉职务，改名为苏珊嬷嬷，继续羁押在修道院，令人严加看管。她的妹妹玛尔法也被改名为玛格丽特嬷嬷，送进修道院看管起来。
至此，沙皇彼得彻底消灭了他一生中最强劲的内部敌人：射击军及其幕后操纵者，他的亲爱的索菲娅姐姐。
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