唐末天下大乱，群雄逐鹿，吐蕃诸部陷入分裂割据时期。及至北宋建立，吐蕃仍旧处于分裂状态，没有任何政权能让吐蕃重归一统。这一时期的汉藏联系较少，毕竟中原王朝被强敌环伺，根本无暇顾及西陲的乱局。只有青海地区的唃厮啰政权与大宋交往相对较多。

公元1206年，成吉思汗统一蒙古，然后开始了对这个世界的征服。

公元1219年至公元1225年，蒙古人第一次西征，征服了西辽、西州回鹘及中亚地区。

公元1227年，蒙古灭西夏。

公元1234年，蒙宋灭金，吐蕃与蒙古全面接壤。

眼看着蒙古帝国的日渐强大，西藏地区的上层阶级压力逐渐增大，他们深知蒙古人迟早会南下入藏，就凭西藏目前的分裂状态，根本无力抵挡来自蒙古人的征伐。而此时的窝阔台长子阔端已经开始谋划夺取西藏。

公元1239年秋，阔端王子派兵入藏，不出所料，藏北僧兵无力抵挡。好在这支蒙古大军并未继续深入藏地，而是就地驻扎，重修庙宇，再塑佛身，与藏地僧俗各界友好相处，受到了藏地各界的一致好评。

经过近两年的调研，阔端得知藏传佛教的萨迦派在藏地影响巨大，其领袖萨迦班智达学识渊博，有雪域文殊菩萨的称号，若能与之会晤，那西藏的归属问题当可得到有效解决。

公元1244年秋，阔端向萨迦班智达发出正式邀约，请他前来凉州商谈西藏归属问题。

面对蒙古人的邀请，萨迦班智达不敢怠慢，他深知这是妥善解决西藏问题最好的办法。于是在与藏地僧俗各界代表充分沟通过后，萨迦班智达于公元1247年在凉州武威的白塔寺与阔出王子举行会盟，十岁的八思巴同行，史称凉州会盟。

会盟结束后，萨迦班智达向西藏僧俗各界颁布《萨迦班智达致蕃人书》。

主要内容如下：西藏地方的僧俗官员和百姓属民，都要承认自己是蒙古大汗的臣民；各地僧俗官员及百姓有关行政方面的事务，须由蒙古指派的官员来管理；有关宗教和寺庙僧众的事务，由蒙古委托萨迦派首领来管理。

这份文件的颁布，正式宣告了西藏自此纳入中国版图，长达400多年的分裂局面就此终结，萨迦派开始代表蒙古人统治西藏地方。

公元1251年底，年仅十七岁的八思巴继承萨迦教派首领之位。

公元1253年，八思巴与南征大理的四王子忽必烈会面，此后忠心相随，永不背弃。

公元1260年十二月，忽必烈封二十二岁的八思巴为国师，令其统领天下释教，成为佛门领袖。

公元1264年，忽必烈派八思巴兄弟回西藏主持建立西藏行政体制，并设立总制院，管理佛教和藏区事务。

公元1270年，忽必烈晋升八思巴为大元帝师，封号全称为“普天之下，大地之上，西天佛子，化身佛陀，创制文字，护持国政，精通五明班智达八思巴帝师”，又称帝师大宝法王，简称帝师。

公元1280年，年仅46岁的帝师八思巴圆寂，死因有争议。

公元1288年，元朝改总制院为宣政院，西藏地区正式成为我国中央政府直接管辖的一个地方行政区域。

公元1368年，明朝取代元朝，通过和平过渡，继承了对西藏地方的国家主权。设立乌思藏都司、朵甘都司两个卫指挥使司和俄力思军民元帅府对西藏地区进行行政管辖。

公元1644年，清朝取代明朝，并继承了对西藏的主权。

公元1652年，五世达赖喇嘛应召到北京觐见清世祖顺治皇帝，并于次年受到清朝册封，正式确立了达赖喇嘛的宗教地位和名号。此后，达赖喇嘛须经中央政府册封，启用印信，成为历史定制。达赖的影响主要在以拉萨为中心的前藏。

公元1713年，五世班禅被康熙帝正式册封为班禅额尔德尼，并赐金册金印。从此，班禅额尔德尼成为该活佛转世系统的正式名称，经中央政府册封得以确认，成为定制。班禅的影响主要在以日喀则为中心的后藏。

公元1727年，雍正皇帝正式设立驻藏大臣处理西藏事务。

公元1792年，乾隆设立金瓶掣签制度，是认定藏传佛教最高等的大活佛转世灵童的方式，历经数百年成为藏传佛教中最为重要的宗教仪轨和历史定制，一直沿用至今。