19世纪末20世纪初，在穆斯林商人与华人的商战中，印度尼西亚民族主义萌芽产生。鉴于在商业竞争中受到华人排挤，他们于1911年建立了“穆斯林联盟”，后发展为群众运动，但是在与殖民当局的抗争中比较软弱。1920年，印共成立，但是其起义活动遭到荷兰当局的镇压。

于是，由于以上两者的失败，1927年苏加诺成立印尼民族党。印尼民族党采用红白两色的旗帜，其历史可以追溯到满者伯夷王朝，后来成为印尼国旗。印尼民族党还主张把印度尼西亚语作为国语。1933年，苏加诺及其他*均被荷兰殖民当局逮捕，直到1942年日本人来了之后才被放出来。

1942年3月，日本占领爪哇，接着控制了除西新几内亚南部的印度尼西亚大部分地区。印尼人觉得日本来这里只是为了开采资源，所以抵抗并不强烈，以苏加诺为代表的印尼民族主义者甚至于日本人展开合作。作为回报，1944年，日本允诺印度尼西亚独立。在独立前，苏加诺通过了《建国五项原则》，其要点是：民族主义、国际主义、民主主义、社会主义、信仰神道。一句话，印尼信仰自由，目的就是为了排除建立伊斯兰国的可能性。

1945年8月17日，日本战败后，印度尼西亚共和国独立。这是一个单一的、中央集权制国家，苏加诺首任总统。不过，荷兰并不承认，1945年荷兰重返巴达维亚，与新生的印尼共和国进行了持续4年的较量。

荷兰利用印尼内部的各种矛盾，于1946年提出建立置于荷兰王国之内的印尼自治共和国。印尼断然拒绝，则要求荷兰承认印尼共和国的地位。于是在美国的调停下，1947年印度尼西亚联邦合众国成立，印度尼西亚共和国只是其中的一个组成单位。但是这个协议遭到了印尼各方的反对，没有付诸实施。

1947-1948年，荷兰发动了对印尼的两次军事打击，眼看印尼共和国就要趋于瓦解。不过在美国的施压下，荷兰被迫屈服。1949年，《海牙协定》签署，印度尼西亚合众国成立，由16个邦组成，印尼共和国只是其中的一个邦。印度尼西亚合众国仍为没有多少实际意义的荷印联邦的一员。西新几内亚由荷兰暂时治理。