但是，葡萄牙以武力强制推行基督教，遭到当地人的反对。而且，葡萄牙控制马六甲后，当地的穆斯林商人心想：惹不起我还还躲不起吗？于是，他们刻意避开马六甲，把贸易转移到其他港口，在各个苏丹国形成了自己的商业中心，不仅进一步传播了伊斯兰教，而且促进了各大苏丹国的发展。其中万丹苏丹国成为南洋各国商品集散的中心，因为船坚炮利，工事强大，葡萄牙人根本无法下嘴。所以，葡萄牙垄断亚洲贸易的企图最终落空。
1521年，麦哲伦发现菲律宾之后，西班牙势力也侵入“香料群岛”，与葡萄牙展开竞争。之后，葡萄牙给了西班牙的一笔偿金，使其退出了这一群岛。然而1580年，西班牙兼并了葡萄牙，给葡萄牙造成很大打击。
随后，在反抗西班牙独立战争中，群岛的葡萄牙人被荷兰人赶走，1605年和1608年安汶、班达先后落入荷兰之手。为了排挤西、葡两国的势力，1602年荷兰也成立联合东印度公司。1641年，荷兰攻陷了封锁8年的马六甲，葡萄牙人仅保留了帝汶岛一部分地区。同时为了对付英国的竞争，荷兰还在万丹的附庸雅加达建立巴达维亚据点，巴达维亚就是雅加达旧称，名字来源于荷兰人的祖先日尔曼巴塔维人。
在荷兰攻占马六甲之前，印度尼西亚的苏丹国也获得了空前的发展，其中最厉害的有两个，一个是亚齐苏丹国，一个是后马塔兰苏丹国。亚齐在斯坎达尔·穆达统治时期达到极盛，一度控制了苏门答腊的西岸和东北沿海地区以及马来半岛的大部地区。后马塔兰苏丹阿贡发动圣战，进行一系列扩张，占领了图班、马都拉、泗水，并获得对井里汶的宗主权，征服了整个爪哇东部。
但是后马塔兰围攻荷兰人城市巴达维亚的行动失败，也没有降服爪哇东边的巴厘岛。所以，巴厘岛至今仍保留着印度教的习俗，成为印度教徒的庇护所。
荷兰与葡萄牙和西班牙不同，他们不反对伊斯兰教也，也不传播基督教，一开始其目标完全是商业性的。所以，荷兰与当地苏丹签订专利经销协定，建立贸易垄断，排除竞争对手。
可是，荷兰东印度公司后来没有实现垄断香料贸易的目的。于是，荷兰东印度公司开始掠夺土地或与地方君主达成协议，在一些地区强迫种植欧洲需要的单一经济作物。
