1830年，为了弥补财政亏空，荷兰在爪哇推行新的强迫种植制度，即甘蔗、靛蓝、咖啡等经济作物生产由殖民当局直接控制，其产品售后全部归荷兰财政。同时，荷兰又雇佣了一些爪哇代理人管理农民。所以，农民等于被扒了两层皮，受到了残酷的剥削。而这一种植制度，却给荷兰殖民当局和宗主国带来了滚滚财富。
可是19世纪中后期，随着工业革命的开展，荷兰的工业获得大发展，国内的工业资产阶级强烈要求把印尼作为原料产地和商品倾销市场。因此，1870年，荷兰在印尼废除了强迫种植制度，咖啡除外，直到1917年才废除。随后，荷兰通过土地法，使荷兰私人资本家可以发展甘蔗、橡胶等私人种植园。其结果就是，大量印尼公社土地无限期的租给了荷兰私企。
19世纪中叶，英国在婆罗洲北部地区的扩张也激起了荷兰人的积极性。早在18世纪以来，荷兰就对坤甸北部的华人公司——兰芳公司虎视眈眈，不惜派军队干涉，妄图将其征服。但1777年，兰芳公司成为“兰芳大统制共和国”，假借清朝的权威，荷兰人之后并不敢轻举妄动。19世纪后期，清朝已经衰败，无暇顾及南洋。1884-1885年，荷兰趁中法战争之际，入侵和吞并了兰芳共和国。不过，荷兰人还是害怕清朝作出反应，1912年才正式公布兰芳被吞并的事实。
1858年，荷兰控制了苏门答腊东北部沿海地区，并镇压了巴达克人的反抗。 1863年，荷兰兼并马辰苏丹国。 1873年，在英国的支持下，荷兰企图兼并亚齐苏丹国。但是遭到了强烈的反抗，引发了全面的游击战争，成为荷兰殖民史最漫长的一次战争。直到1913年，荷兰才完全征服亚齐。 1885年，荷兰还与德国、英国瓜分了新几内亚岛，获得了西新几内亚的主权。
荷兰尽量压缩尚未被占领的印尼岛屿地盘，甚至不惜采取激烈的军事行动。到1914年，除了加里曼丹北部的沙捞越和北婆罗洲属于英国，新几内亚岛东部由英、德瓜分，帝汶岛大部属于葡萄牙，印度尼西亚群岛全部成为荷兰殖民地，奠定了今日印度尼西亚的版图基础。
