11世纪后期，马塔兰王国分裂为西部的谏议里王国和东部的戎牙路王国，分别由两个王子统治。后来，谏议里王国合并戎牙路王国，国家统一后经济获得发展，与室利佛逝保持和平关系。

但是，1222年，谏议里王国爆发农奴起义，胜利成果被地方官兼海盗庚安禄所篡夺，建立了新柯沙里王朝。新柯沙里王朝进行对外扩张，到13世纪末征服了爪哇和马来半岛南部，还建立了新加坡城，势力一度达到加里曼丹岛、巴厘岛和摩鹿加群岛。

此外，新柯沙里王朝还占领了苏门答腊岛的末罗瑜，使室利佛逝国土进一步萎缩，只剩巨港附近地区。由于没有了马六甲海峡两岸地区，以贸易立国的室利佛逝彻底走向衰落。

正当新柯沙里王朝积极进行对外扩张时，一方面谏议里国王查耶迦望积极准备复国，另一方面元朝派人来劝降。新柯沙里王朝末代国王格尔达纳卡拉非常自信，拒绝元世祖忽必烈的劝降，还侮辱了元使。结果还没等元朝出手，1292年谏议里王国国王查耶迦望就刺死格尔达纳卡拉，推翻了新柯沙里王朝，夺回了政权。

元朝很生气，后果很严重。1293年，2万元军攻打爪哇。不过新柯沙里王朝已故国王的女婿韦查耶先很有心机，先诈降元军，借元军之手推翻查耶迦望。然后，韦查耶先又趁元军不备发动突袭，把元军赶出爪哇。

元军撤走后，韦查耶先以满者伯夷为首都，建立了印度尼西亚历史上最强大的满者伯夷王朝。满者伯夷在东爪哇兴建了精密的水利系统，农业、手工业、交通运输和对外贸易全面发达，城镇繁荣，日渐强大起来。

1331年，满者伯夷建立了强有力的中央集权，开始大举对外扩张。满者伯夷向东征服了巴厘岛，向北控制了加里曼丹岛和马来半岛南部，向西征服了室利佛逝的绝大部分，一度成为本地区的霸主，控制着群岛的海上贸易。