2006年的欧冠决赛，巴萨获得了最后的胜利。但是梅西却因为当年3月份的一次伤病缺席了19场比赛，也包括2006年的欧冠决赛。虽然没有在欧冠决赛出场，但是梅西却在2006年得到了国家队的征召，参加了2006年的德国世界杯，这也是其第一次参加世界杯。在对战塞黑的比赛中，梅西迎来了自己的世界杯首秀。8月份，梅西与巴萨一起击败塞维利亚，赢得了欧洲超级杯。但是在11月份，他又一次受伤，并因此缺战3个月的比赛。

2007年4月18日，“马拉多纳的接班人”梅西在巴萨对阵赫塔菲的国王杯上，复制了老马的神迹。梅西从本方半场右路拿球，先过掉帕雷德斯和纳乔，接着内切，从阿莱克西斯和贝伦格尔的双人防守中突围，面对出击的路易斯-加西亚，左脚扣球过人，倒地推射破门。这也成为梅西那年最高光的时刻。另外在2007年的金球奖评选中，梅西位居卡卡与C罗之后位居第三。

在这一年，梅西完成了巴萨百场里程碑。尽管未能获得重磅冠军荣誉，但是在6月份，他遇到了职业生涯最好的教练——瓜迪奥拉，梅西的职业生涯也会彻底改写。

2009年的梅西获得了巨大的成功，他跟随巴萨获得了西甲、国王杯以及欧冠的三冠王，同时还赢得了西班牙超级杯、欧洲超级杯以及世俱杯，一年获得了六个冠军。而在这一年，梅西还第一次获得了金球奖。鉴于梅西超人的发挥，巴萨与其续约到2016年，违约金达到2.5亿欧元。