八字竹、厚竹及野生毛竹重测序个体变异基因检测和注释

于2020年发表为新品种并将其命名为八字竹，八字竹与毛竹相比，最明显的形态差别为横切面呈“8”字形，竿壁不增厚，但竿沿分枝侧轴线凹陷或扁平。

因此，在毛竹产生变异类型厚竹，厚竹栽培产生变异类型八字竹这个连续变异过程中出现了竿壁增厚而后又恢复为野生型毛竹竿壁厚度的竿型性状变化。

该过程所涉及竿型可塑性的形成机制尚不清楚，形态变异的主要原因是控制相关性状的基因发生变异，挖掘不同类型之间变异基因的功能，对解析毛竹丰富的遗传多样性以及性状相关的遗传变异具有重要意义。

为了从全基因组水平上揭示八字竹与厚竹的变异程度，我们利用基因组重测序技术，将八字竹、厚竹以及2个野生毛竹个体与毛竹参考基因组进行比对。

比较了不同变异类型SNP、InDel和SV等变异类型的差异，通过功能富集分析对变异基因进行注释，探究了变异基因与八字竹和厚竹变异性状之间的联系。

检测了4个毛竹及其变异类型的SNP位点，通过过滤最终统计到样品的SNP数量和类型，从SNP数量上来看毛竹-湖南株洲>厚竹>毛竹-江西万载>八字竹，分别为1688122个、1683981个、1660053个和1626934个。

所有样品转换位点的数量是颠换数量的3.25(±0.01)倍，且大多数SNP是杂合的,4个样品中SNP在全基因组的分布密度相差不大，其中毛竹-湖南株洲SNP密度最大。