2.3.LNG运输船
对于LNG运输船通行费，引入每次过境的固定费用，该费用与上同；以载货量容积（m³）为计算通行费用的计量单位；根据船舶的大小类别使用不同容积费率；空载船舶的通行费为载货通行费的85%，其中压舱货物容积不得超过总载货量的10%；在往返过程中取消了特殊空载通行费。
以主流容积率174000立方米的LNG运输船为例，规格属于新巴拿马级，则固定费用30万美元，满载载重费约23.5万美元，叠加其他杂项服务费，满载通行费则约为54万美元，空载通行费则为46万美元。若为往返通行，则免除载重费，往返总通行费约为85万美元。
2.4.预约通行费
通行预约系统是巴拿马运河提供的一项可选服务，客户可以通过支付额外费用在特定日期过境，从而保证成功及时中转。具体费用因通行闸口及船只尺寸而异。
对于未能够及时预约的船只，巴拿马运河还提供了插队拍卖服务，但这种情况下插队费往往十分高昂。2023年11月8日，日本Eneos集团便在插队拍卖中支付了397.5万美元，以确保穿越该通道，一举刷新了运河的插队拍卖纪录，而这还不包括公司支付的常规过境费。
尽管巴拿马运河是世界贸易最重要的航线之一，由于其闸系统使用淡水，长期的降雨不足叠加全球航运需求增长，其运营的稳定性持续恶化。自2023年7月30日起，巴拿马运河管理局将每天可通过运河的船只数量减少到32艘，导致航道两侧时常有数十艘船只排队。同时从11月1日起，日均过境船舶数量将从32艘减少到31艘，其中9艘通过较大的新巴拿马型船闸，22艘通过巴拿马型船闸。从11月3日起，这些数量将进一步削减至25艘，从11月7日起进一步削减至24艘，从12月1日起削减至22艘，从2024年1月1日起削减至20艘，从2月1日起削减至18艘。2023年8月的平均等待时间几乎是同年6月的四倍，虽然9月份的平均等待时间略有减少，但已处于远高于历史平均水平的水平，并且预计将在一段时间内保持这种状态。
通行数量的减少意味着航道进入了常态性拥堵，8月份排队峰值达到了160艘，此前常态则为36艘左右，而拥堵情况预计将持续到2024年。此外，另一个新增的重大限制是将最大船舶吃水线从15.2米更改为13.4米，这也显著影响了通行货轮的载重吨位，并且阻止满载的新巴拿马型船舶通过。
受航道拥堵的影响，货运成本有所上升，因为船舶运营商可能会收取更高的费用或使用更长的航线。根据Platts数据，10月30日从美国墨西哥湾沿岸经巴拿马运河运往日本或韩国的LNG运费为3.62美元/MMBtu，经苏伊士运河为5.42美元/MMBtu，经好望角为5.49美元/MMBtu。当前航运费用呈现季节性上涨，其他航线与巴拿马运河航线运费价差尚未出现收窄。
