动力方面，奥迪A6（C5）最初搭载了最大功率125马力1.8L、150马力1.8T、165马力2.4L V6、193马力2.8L V6，四款汽油发动机；以及110马力1.9TDI、150马力/180马力2.5TDI柴油发动机。传动系统匹配5速/6速手动或5速自动变速箱，除1.8L和1.9TDI车型外，可选择quattro四驱系统。奥迪A6（C5）的发动机盖板和保险杠支架均为铝制，大约30%车身冲压件由高强度金属板制成。前悬架采用多连杆独立悬架，前驱版后悬架为扭力梁非独立悬架，四驱版后悬架为双横臂独立悬架。
1999年，奥迪A6（C5）追加了两款汽油动力，分别是2.7L双涡轮增压发动机，最大功率230马力和4.2L V8发动机，最大功率299马力。同年，衍生的运动版车型S6问世，除了专属徽标外，S6拥有设计灵感来自TT的轻合金车轮、更宽的轮眉、银耳、强化的悬架、双边共双出排气、三辐式运动方向盘、碳纤维饰板等配置。动力系统搭载4.2L V8发动机，最大功率提升40马力至340马力。S6的0-100km/h加速时间手动挡为5.7s，自动挡为6.7s，S6 Avant相比轿车版慢0.1s，最高车速可达250km/h。
2000年，奥迪又打造了基于A6（C5） Avant衍生的跨界车型allroad quattro，前后保险杠和轮眉采用硬质黑色塑料，配备行李架、大尺寸全地形轮胎、车底护板和四段可调空气悬架，离地间隙最高可升至208mm，最低可降至142mm，带来不同的驾驶体验。动力方面提供2.7T、4.2L汽油发动机，2.5 TDI柴油发动机。
奥迪A6（C5）的中期改款于2001年完成，外观最主要的变化是上下进气格栅都带有镀铬饰条。动力系统经过升级，最初的1.8L发动机被新的2.0L发动机取代，最大功率130马力；2.8L V6发动机也被新的3.0L发动机取代，最大功率220马力；1.9L TDI发动机的最大功率提升至130马力，传统部分增加了CVT变速箱。
